Как сделать тонкий срез, не нарушая структуру почвы? Для этого образцы почвы отбирают в специальные металлические рамки, называемые коробочками Кубиены (по имени основателя почвенной микроморфологии — австрийского почвоведа Вальтера фон Кубиены), или же в небольшие контейнеры с твёрдыми стенками. Коробочку прикладывают к зачищенной стенке почвенного разреза и прорезают почву по краям ножом до тех пор, пока рамка (или контейнер) полностью не окажется утопленной в стенку разреза. Затем образец прорезают сверху и отнимают от стенки. После чего тщательно упаковывают, чтобы не повредить при транспортировке, и помечают его верх, чтобы при дальнейшем изучении понимать, в каком направлении перемещаются вещества в почве.
Для изготовления шлифа почвенный образец пропитывают отверждающим составом. Раньше для этой цели использовали смолу бальзамической пихты, сейчас в основном применяется полиэфирная смола. После пропитывания образец высушивают на воздухе. Иногда, если почва очень рыхлая, образец приходится пропитывать отверждающим составом прямо в поле, иначе есть риск не довезти его в лабораторию в ненарушенном состоянии...