Проект 10К в Санкт-Петербурге

В Санкт-Петербургском государственном университете создается Центр геномной биоинформатики имени Феодосия Добржанского.

Основной задачей проекта является создание лабораторий, в которых студенты и научные сотрудники будут разрабатывать, испытывать и внедрять различные компьютерные методы для «сборки» геномов позвоночных животных,  выявления функций генов с последующим внедрением полученных результатов в медицинскую практику. Предполагается, что исследования будут содействовать также сохранению биоразнообразия и охране окружающей среды.

27 апреля состоялась международная конференция, посвященная открытию Центра.

Руководить Центром будет генетик из США – доктор Стефан Д. О’Брайен (Stephen J. O'Brien), в настоящее время работающий в СПбГУ.

Также в число сотрудников Центра вошли победитель конкурса мегагрантов Правительства Российской Федерации для государственной поддержки научных исследований, проводимых под руководством ведущих учёных в российских образовательных учреждениях высшего профессионального образования, Павел Певзнер и директор Биомедицинского центра, профессор СПбГУ  Андрей Козлов.

Научные исследования Центра будут направлены на изучение генетической резистентности к инфекционным заболеваниям и раку, сравнительному изучению организации геномов разных биологических видов, особенно редких и исчезающих животных.

Одно из направления работы Центра – участие в проекте 10К, одним из координаторов которого является доктор Стефан Д. О’Брайен. Цель проекта – расшифровка геномов как можно большего числа видов позвоночных животных. В проекте уже принимают участие зоопарк Сан-Диего (США), Калифорнийский университет (США), Американская генетическая ассоциация (American Genetic Association (AGA), Пекинский институт геномики (Beijing Genomics Institute) и другие организации.

Стефан Д. О’Брайен так охарактеризовал этот проект: «Если расшифровка генома человека это Библия, то проект 10К это все остальные книги».

Ознакомится с результатами работы проекта можно на сайте http://www.genome10k.org/database
Другое важнейшее направление работы Центра – исследование рака.  Это направление будет курировать Андрей Козлов, один из ведущих российских специалистов по изучению рака и ВИЧ\СПИД.  Ученый много лет разрабатывает теорию эволюционного значения опухолей. Согласно этой теории, опухоли в ряде случаев могут создавать условия для активации генов. В ходе  работ, выполненных под его руководством методами молекулярной гибридизации, было показано, что в опухолях млекопитающих экспрессируются уникальные последовательности, не экспрессирующиеся ни в одной «нормальной» ткани.

В июне 2010 года Козлов  с коллегами опубликовали в Journal Infectious Disease свои результаты: они обнаружили, что в острой фазе ВИЧ-инфекции у наркозависимых пациенов в 70% случаев присутствуют одинаковые вирусные геномы. Это открытие вызвало широкий резонанс у международной научной общественности, ему была посвящена статья в июльском номере журнала Science. (Подробнее о работе Козлова см. http://www.biomed.spb.ru/index.php?option=com_content&view=article&id=30&Itemid=44〈;=ru).

Еще один ведущий сотрудник Центра геномной биоинформатики  – Павел Певзнер. Профессор Певзнер много лет проработал в США, но выиграв мегагрант, не задумываясь вернулся в Россию. Сейчас он работает в Санкт-Петербургском Академическом Университете, который специализируется на магистратуре и аспирантуре в области физики и нанотехнологий.

В своем приветственном выступлении на конференции, посвященной открытию центра им. Ф. Добржанского, он сказал, что ученые не должны бояться ехать работать в Россию. Главная проблема, с которой боится столкнуться Певзнер, это отсутствие в  нашей стране квалифицированного научного менеджмента. Что касается геномики, то Певзнер уверен, что чтение геномов скоро станет такой же рутиной как анализ крови или рентгенограмма, но только при условии, что генетики будут работать  в тесном контакте со специалистами в области «computer science», которых в России также очень не хватает.

Фото:
1. СПбГУ
2.Профессор Андрей Козлов
3.Профессор Павел Певзнер
4.Доктор Стефан Д. О’Брайен