Каменный мост возвели в трудную для Германии пору, когда страна была раздроблена на мелкие государства. Баварский герцог Альбрехт IV, Мудрый (1447-1508) из династии Виттельсбахов стремился к объединению баварских земель и вознамерился перенести свою резиденцию из Мюнхена в Регенсбург, который с VI по XIII век уже служил столицей Баварии, а потом стал свободным городом-государством. Жители Регенсбурга поддержали Виттельсбаха, и городской совет принял соответствующее решение, но с этим не был согласен кайзер Фридрих III, тогдашний правитель Регенсбурга.
6 августа 1486 года герцог Альбрехт с пышным эскортом прибыл в суверенный город-государство Регенсбург с его без малого семидесятью крепостями и готическими башнями. Они свидетельствовали о богатстве города, сохранившего постройки древних римлян, бесчисленные романские церкви и монастыри, а также великолепный герцогский дворец, в котором некогда пребывал франкский император Карл Великий (742-814). На всех зданиях в знак признания баварского верховенства регенсбургцы вывесили стяги с бело-голубыми ромбами в противовес собственным красно-белым государственным цветам. Для пущего соответствия былому столичному величию в городе отстроили новый соляной амбар и винный погреб, а герцог Альбрехт получил от папы римского разрешение основать здесь университет по образцу Высокой школы в Болонье.
Но кайзер Фридрих III после многочисленных предупреждений своевольному регенсбургскому совету предпринял решительные действия. В 1491 году по его приказу члены совета были схвачены и подверглись жестоким пыткам в застенках Старой ратуши. Продолжал творить суд и расправу в городе и преемник Фридриха кайзер Максимилиан I. Регенсбург остался имперским, хотя и заштатным городом. В состав Баварского королевства он вошел лишь в начале XIX века, столицей так и не став.
Город сохранил свой неповторимый средневековый облик тех времен, когда Регенсбург был центром торговли на Дунае. Каменный мост облегчал доставку товаров. В город пришло богатство, купцы преуспевали. Они отстраивали новые дома и родовые башни, упирающиеся в небо.
В конце XIV века Регенсбург потерял былое экономическое могущество и политическое значение из-за того, что торговые пути переместились в Аугсбург, Нюрнберг и Вену. Город остановился в своем развитии. Требующих больших затрат новостроек почти не было (к счастью, для будущих поколений туристов).
Интересна в этой связи история возведения готического собора святого Петра. Его строительство началось около 1260 года, когда в карманах еще звенели деньги, но строители действовали вяло и затянули дело на века. В 1525 году деньги кончились, и строительство совсем заглохло. Башни достроили лишь в XIX веке. Сейчас собор святого Петра - одно из сооружений мирового значения - снова реставрируется. Говорят, в чистом немецком воздухе все-таки витают какие-то вредные для древних стен вещества.
В конце Второй мировой войны город оказался на волосок от гибели. Но немецкие войска были вовремя отведены, и, таким образом, Регенсбург можно было сдать без борьбы. Мужественный человек, проповедник собора Иоганнес Майер, потребовавший этого на митинге, заплатил жизнью за свою инициативу.
