В зоопланктоне нет групп, опасных для человека, хотя он может быть переносчиком паразитов для рыб, а уже через рыбу паразиты могут попадать в организм человека, если такая рыба плохо термически обработана. Но зоопланктон питается фитопланктоном — микроскопическими водорослями, которые нередко оказываются ядовитыми. В этом плане он способен нести опасность, как звено в цепи передачи вещества и энергии: на протяжении пищевой цепочки в каждом последующем звене происходит накопление вредных веществ и токсинов. Это общая закономерность, и так же, как токсины, могут накапливаться ртуть и тяжёлые металлы.
Иными словами, зоопланктон, потребляя ядовитые водоросли, накапливает в себе токсины, далее его, в свою очередь, потребляет рыба, также накапливая их, а в конечном счёте при вылавливании и потреблении рыбы токсины доходят и до нас, людей. Случаи отравления и даже гибели при потреблении такой рыбы описаны в научной литературе.
На сегодняшний день открыты тысячи видов, составляющих зоопланктон, хотя в отдельном водоёме, как правило, присутствует до ста, редко до двухсот видов. Сказать при этом, что какой-то водоём изучен полностью, будет неправильно. Всегда есть место новым открытиям...