В мегаполисе метро, а в метро микробы

Разнообразие бактерий на станциях метро зависит от пассажиропотока и от того, откуда эти бактерии взялись.

Куда бы мы ни пошли, нас окружают микробы. Но в разных экосистемах и микробы будут разные: в лесу – одни, в реке – другие, в городе – третьи, а если посмотреть повнимательнее, то и городские микробы будут отличаться в зависимости от места, потому что одно дело – наш дом, и другое дело – какое-нибудь общественное пространство.

Несколько лет назад исследователи из разных стран решили выяснить, как выглядит микробное сообщество в метро разных городов. Вряд ли стоит описывать, насколько важной частью города является подземка, так что было бы не только интересно, но и полезно узнать, какие микробы в ней живут. Обычно микробиоту изучают, культивируя в лаборатории собранные образцы бактерий: с пола, с поручня или с любой другой поверхности берут мазок и переносят бактерий в питательную среду. Однако некоторым бактериям питательная среда может не понравиться, а угодить им мы не можем – мы же не знаем, кто у нас в образце. Поэтому в таком методе часть бактерий останется невидимой. И потому для исследования микробиоты метрополитена использовали другой метод – очень точное чтение бактериальной ДНК из собранных образцов.

Началось всё с Нью-Йорка, продолжилось в других городах, и вот теперь дошла очередь до Москвы. Результаты анализа бактериальной ДНК из московской подземки опубликованы в статье в Computational and Structural Biotechnology Journal. В ней исследователи из биотехнологической компании «Кномикс», Университета ИТМО, Института биологии гена РАН и других научных центров России, США и Великобритании пишут, что метро Москвы и Нью-Йорка похожи по микробам: наиболее распространёнными родами бактерий там и там оказались Dietzia, Brevundimonas, Pseudomonas, Arsenicicoccus, Stenotrophomonas и ряд других. Другой важный результат – что разнообразие бактерий коррелирует с величиной пассажиропотока на конкретных станциях. При этом в местах, где больше бактерий почвенного происхождения, биоразнообразие максимально, а там, где преобладает кожная микробиота, биоразнообразие ниже. Что вполне понятно, если учесть, что в земле разных микроорганизмов живёт больше, чем на нас.

Любопытно, что анализ не выявил патогенов: метод точно позволял выявить ДНК десяти болезнетворных бактерий, однако достоверно ни одной из них найти не удалось. Тем не менее, по мнению авторов, это вовсе не значит, что микробных патогенов в метро нет – просто образцов было обработано мало, и патогены могли не попасть в пробы.

В целом результаты говорят о том, что чтением ДНК вполне можно изучать микробиоту общественных пространств, и полученные сведения, несомненно, пригодятся специалистам в области гигиены и эпидемиологии – особенно, если к данным о бактериях добавятся данные о вирусах, грибах и простейших.