Насколько мне помниться, сервис GPS (и ГЛОНАСС) беззапросный: спутники транслируют сигнал из космоса, каждый приемник ловит сигнал и рассчитывает свое местоположение на основе данных, полученных с нескольких спутников, при этом никаких запросов в адрес спутников не посылается. То есть, обратного канала связи в системе GPS нет, а если нет обратной связи, то невозможно и адресное управление одним единственным девайсом. Нарушить работу GPS в определенном секторе шарика вполне возможно, но это сразу станет заметно.
Еще существуют GPS-глушилки, нарушающие работу навигаторов в радиусе нескольких километров, однако, о прямом управлении речи опять же не идет.

Есть  такой режим, где подключаются сотовые провайдеры и УКВ сети речной и морской навигации.
Что мешает встроить в сигнал спутника команду для закладки?

Версия аварии в Перми
Запись переговоров пилотов
И немного истории.

То, что это не рационально. Если рассматривать такой вариант, что в самолете была сделана "закладка", то управлять ей с помощью сигнала GPS - самое абсурдное решение. Причин тому несколько:
1) пропускная способность GPS канала очень низкая, для управления это плохо
2) Напрямую управлять не позволяет отсутствие обратной связи, поэтому возможна только подача команды для активации закладки - сценария.
3) Сигнал GPS принимается множеством станций и записывается. Вносить в сигнал какой-то вредоносный код - означает напрямую расписаться в авторстве закладки и катастрофы.
4) Закладка может стоять на других самолетах, стало быть не исключена возможность активировать и их, что привело бы к массовым падениям самолетов в целом сегменте земного шарика. Опять же - палево.
5) Гораздо проще и надежнее управлять с использованием мобильного наземного передатчика - и возможностей больше и вероятность обнаружения значительно ниже.

Мне понятна Ваша мотивация - для себя Вы уже четко порешили, что  катастрофа подстроена и определили виновника, так что дальнейшие поиски направлены на доказательство этой версии. Весьма непродуктивный подход

И еще вопрос для размышления - если действительно имела место закладка как сейчас, так и в 2008 году, то почему же уязвимость не была ликвидирована за 5 лет?