Предметом распрей могут быть ученики, которые обязаны учиться и дрессироваться.

Я не об устоявшихся научных знаниях и видимой реальности, против которых возражать наивно и глупо, а о том, что скрыто, или если хотите, что неизвестно науке. Например, у ученого есть какая либо идея, ее можно отнести к подразумеваемому допущению. А система верований (не обязательно религиозных) есть у каждого человека, которая закладывается еще в детстве и которая определяет, в том числе неосознанно, взаимоотношение с миром.

О борьбе с религией говорил еще Ленин

Вы не припомните, а историкам известны факты контроля государственных органов, агрессивной атеистической пропаганды, в том числе в застойные годы, когда за активную религиозную деятельность по уголовной статье "антисоветская агитация и пропаганда" можно было получить срок.

Ну, малограмотность она разная бывает. Бывает финансовая неграмотность... не так ли? медицинская безграмотность, политическая и юридическая безграмотность...Много видов неграмотности. "Неграмотность — это духовное несовершеннолетие" - как говорил Бернхард Шлинк

Ленин говорил не о физических расправах, а о борьбе идеологий.

Аресты и репрессии церковнослужителей в 20-30-х годах - следствие диктатуры пролетариата, которая жёстко боролась против класса эксплуататоров, богатеющего за счёт рабочих и крестьян. Священники жили за счёт верующих из простого народа, сами были богатыми, поддерживали богатых, и шли против коммунистов.

Любое государство защищает свой статус. Статья была направлена против антисоветсткой агитации и пропаганды, а не против религии. Если религиозная деятельность некоторых священнослужителей имела антисоветскую направленность, за это можно был получить срок.
Церковь была отделена от государства, но религию любых конфессий советское государство не преследовало, у советских граждан была свобода вероисповедания.