Во всех языках фонетика и орфография различаются.
Что до касается обсуждаемой буквы, то наверно точки надо ставить там, где смысл от этого зависит кардинально.
Я же не зря привел пример их иврита. Три слова написаны одинаково, а читаем по-разному: дод Давид дуд.
Для таких случаев пользуются специальными значками - оглассовками. Точки и черточки над и под буквами.
Такая ситуация и в немецком, чешском, португальском..,
И никто из этого не делает драму.