Имхо, здесь только слабости в применении логики. АЭ действительно, по крайней мере по началу, утверждал, что ТО в эфире не нуждается. Но с т.з. альтов, это только слабость теории. Если эфир есть, а теория его не учитывает, значит теория слаба.
Однако ошибка в логическом основании.
В действительности, если кратко говорить, то это эфир обладает свойством обнаруживаемости движения в нем, а не некая субстанция "обнаруживаемости движения" обладает свойством эфира. Поэтому п.1, из которого исходили ученые выглядит так:
1. Если эфир существует, то движение относительно эфира обнаруживается.
2.Движение относительно эфира не обнаруживается. (результат эксперимента)
3.Следовательно эфир не существует.

ученый, вы правы, абсолютизация отрицательного результата приводит зачастую просто к абсурду.
я тут уже, по-моему, выкладывал анекдот про программиста, для которого отрицательный результат также объективен, как и положительный.
но выложу его снова - может не все его знают.

когда программист ложится спать, он ставит на тумбочку рядом с собой два стакана
- один с водой, если ночью захочет пить,
- а второй, пустой - если не захочет...

А как же, конечно просвещу.  Вот к примеру, что писал некий А. Эйнштейн:

А. Эйнштейн [1, стр. 624]: «… в специальной теории относительности область пространства без материи и без электрического поля представляется совершенно пустой, т.е. ее нельзя охарактеризовать никакими физическими величинами …». А. Эйнштейн. Собрание научных трудов (СНТ) в 4-х томах: М.; Наука, 1965-1967 г.,т. 1, с. 145 «Таким образом, возникает вопрос: нельзя ли согласовать основные положения теории Лоренца с принципом относительности? Первым шагом к этому является отказ от гипотезы эфира…нельзя создать удовлетворительную теорию, не отказавшись от существования некоей среды, заполняющей пространство» (Там же, с. 145-146).

Последнее высказывание А. Эйнштейна относительно эфирной среды сделаное в 1952 г.: «Тем, что специальная теория относительности показала физическую эквивалентность всех инерциальных систем, она доказала несостоятельность гипотезы покоящегося эфира. Поэтому необходимо было отказаться от идеи, что электромагнитное поле должно рассматриваться как состояние некоторого материального носителя» [Эйнштейн А. Собрание научных трудов. Т. 1, 2. (М.: Наука, 1966). , Т2, с.753].

Но вы не огорчайтесь уважаемый Гавиал. В других книжках "гений" утверждал прямо противоположное.

"Согласно общей теории относительности
пространство немыслимо без эфира".
А. Эйнштейн. "Эфир и теория относительности".
Собрание научных трудов. М.: Наука. 1965. Т. 1. С. 689.

"Мы не можем в теоретической физике обойтись без эфира,
т.е. континуума, наделенного физическими свойствами".
А. Эйнштейн. "Об эфире". 1924 г. Собрание
научных трудов. М.: Наука. 1966. Т. 2. С. 160.

Вам это не напоминает одну народную забаву под названием наперстки?

Они именно так и рассуждали. Если эфир существует, то он обладает определёнными свойствами. И, конечно, ошибочно полагать, что эфир существует или нет, в зависимости от того, обнаружили его или нет. Здесь нет причинной связи.
Вы, наверное, плохо думаете об ученых. Там ведь не дураки собрались и тщательно продумали серию опытов.
Так могло быть только в том случае, если Земля в центре Мира, а Солнце и звезды вертятся вокруг неё.