Первая ссылка - это стандартное пояснение.
Вторую ссылку - не мне судить на сколько автор "научно" точен.
Но они обе поясняют формообразование, а не пространственную ориентацию. А меня интересует именно она.
Пока я ни в одной литературе не встречался с постановкой этого вопроса. Никто не упоминает о ней хотя бы как о пока нерешенной. Как будто ее вообще нет. Вот что непонятно!

Да уж...

А что, Вам уже понятно стало?
Извините, но эксперимент с пластилином и пылью этого и приблизительно не объясняет. И вообще, непонятно что объясняет.
Может, попробуете свою мысль изложить иначе, чтоб было яснее.
И учтите, что речь не идет о формообразовании органа, кости и всего прочего. Речь идет о достаточной точности ориентации этого органа или кости в трехмерном пространстве зародыша относительно друг друга и оболочки.
Возникающие первичные органы в дальнейшем не только перемещаются на свои места, но и пространственно ориентируются. А опорно-двигательный аппарат, состоящий из кучи различных отдельных друг от друга деталей еще зеркально выстраиваются.

Как я понял из Ваших слов, организация зародыша в упрощенном сравнении аналогична гальванизации: изначально имеется трафарет будущего человека, погруженный в питательную среду и, на которое "оседают" необходимые элементы, образуя организм.
Подобная теория существовала на заре эмбриологии. Но в дальнейшем, опыты показали, что этот подход неверен.
Если пороетесь в анатомических описаниях становления зародыша, заметите как странно это происходит.
В любом варианте рассмотрения остаются три степени свободы для ориентации той или иной формирующейся косточки. Но, которая безошибочно устанавливается как надо и только затем обрастает мышечным покрытием.
Поверьте, вопрос не праздный. Я пытался смоделировать сказанное (на бумаге, конечно) через самые фантастические возможности, доступные химии, но ничего не получилось. Без изначальной заданности всего сразу, как Вы и предположили, ничего не выходит.