Субстанциальная концепция в физике предполагает, что все пространство заполнено субстанцией (на макроуровне называется материей - описана таблицей Менделеева) и пустотой.

Мне задали вопрос - а пустота здесь это что такое?

Ответ предельно прост - пустота это отсутствие субстанции в определенном месте пространства, то есть в рамках используемого базиса (двух субстанциалов) там они не представлены.

Конкурирующая реляционная концепция (не путать с релятивизмом) предполагает обязательно заполнять все пространство чем-то, что приводит к массе проблем. Например, для атома, в котором маленькое ядро, где-то вроде как летающий электрон... а все остальное чем заполнено? Тут в современных учебниках рыбу заворачивали, то есть стараются не объяснять совсем.

С чего началась атомно-ядерная физика?

Ядерная однозначно с открытия Резерфордом ядра.

А квантовая (то есть взаимодействие порциями)? Наверное с открытия Томсоном электрона.

А атомная с чего?

Все говорит, что со спектров атомов, они стали характеристикой (портретом) атомов.
И гениальная (на спор) формула Бальмера.

Система четырех предлагаемых уравнений обобщает ВСЕ явления атомно-ядерной физики. Пока на концептуальном уровне. Однако и это уже не мало.

Определившись с электрическим субстанциалом, теперь предстоит определить свойства магнитного субстанциала.  

Сделать это будет во много раз сложнее по той причине, что начиная с Гильберта, то есть с первой научной статьи о магнетизме от 1600 года его однозначно определяли через электрическую составляющую, то есть по сути лишали первородства.

Тем не менее в физике магнетизм и магнитное поле фигурирует как самостоятельная характеристика. И свойства материи описываются через магнитную и электрическую проницаемость, где они также самостоятельны.

При этом имеется зависимость магнитных и электрических явлений, то есть изменение одного приводит к изменению другого. Но это вовсе не значит, что одно можно выразить через другое.

Попытки Дирака ввести магнитный монополь для описания магнитных явлений как самостоятельной составляющей э/м явлений не увенчались успехом.

Стоит непростая задача, тем не менее придется её как-то решать.

Для начала стоит познакомиться с тем, что учебники и достойные внимания монографии понимают под магнетизмом (нас в данном случае интересуют постоянные магниты) .  Рекомендуемый список литературы по теме приведен здесь

https://www.imp.uran.ru/sites/default/files/upload/1_magnetizm_tverdyh_tel_1.pdf

Физики-теоретики в природе существуют? Куда все попрятались? Подвиги совершать будем?

В предлагаемой модели атома водорода (и не только его) есть лишь электрическая составляющая и магнитная. Пузырь электрона притягивается к ядру (протону) электростатической силой, которую можно посчитать.

Но он не падает на ядро, значит на определенном расстоянии его уравновешивает магнитная сила отталкивания, равная электростатической силе.

Таким образом это может стать основой для записи выражения для Первого атомного закона. Но есть и другие варианты.